Οι μικρές επιχειρήσεις (ΜΜΕ) αντιμετωπίζουν πολύ μεγαλύτερες δυσκολίες ως προς την είσπραξη και απόδοση του ΦΠΑ. Για τον λόγο αυτό η οδηγία 2006/112/ΕΚ περιλαμβάνει διατάξεις για την ελάφρυνση αυτού του βάρους, ιδίως επιτρέποντας στα κράτη μέλη να τις εξαιρούν από τον ΦΠΑ, υπό τον όρο ότι ο ετήσιος τζίρος τους δεν ξεπερνά ένα συγκεκριμένο όριο, το οποίο διαφέρει από κράτος σε κράτος. Παρά το μέτρο αυτό, οι ΜΜΕ εξακολουθούν να αντιμετωπίζουν δυσκολίες λόγω του τρόπου εφαρμογής του. Συγκεκριμένα, όσες δραστηριοποιούνται σε ενδοκοινοτικές συναλλαγές δεν μπορούν να επωφεληθούν της απαλλαγής ΦΠΑ εκτός του κράτους εγκατάστασής τους, ενώ ανακύπτουν και ζητήματα στρέβλωσης ανταγωνισμού, διότι συχνά αναγκάζονται να χρεώνουν τους πελάτες τους διαφορετικό ΦΠΑ από τον προβλεπόμενο στην εγκατάστασή τους.
Με σκοπό την απλοποίηση του συστήματος για τις ΜΜΕ σε εθνικό και ενδοκοινοτικό επίπεδο, επεκτείνεται το πεδίο εφαρμογής της απαλλαγής ΜΜΕ από τον ΦΠΑ ώστε να περιλαμβάνει και τις μη εγκατεστημένες ΜΜΕ, και η μεταβατική περίοδος για τη μετάβαση των ΜΜΕ από το καθεστώς απαλλαγής στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ. Ακόμη προβλέπεται «ενιαία θυρίδα για τις ΜΜΕ» για την απλοποίηση των διαδικασιών συμμόρφωσης στις ενδοκοινοτικές συναλλαγές και ενισχύεται η διοικητική συνεργασία για την ανταλλαγή πληροφοριών μεταξύ των κρατών μελών.